Gambaran Revolusi Komputer di Dunia

A.   EVOLUSI KOMPUTER

       Komputer saat ini adalah evolusi panjang penemuan-penemuan manusia sejak dulu berupa alat mekanik dan elektronik

Empat golongan besar alat pengolah data :

•         Peralatan manual: yaitu peralatan pengolahan data yang sangat sederhana, dan faktor terpenting dalam pemakaian alat adalah   menggunakan tenaga tangan manusia

•         Peralatan Mekanik: yaitu peralatan yang sudah berbentuk mekanik yang digerakkan dengan tangan secara manual

•         Peralatan Mekanik Elektronik: Peralatan mekanik yang digerakkan oleh secara otomatis oleh motor elektronik

•         Peralatan Elektronik: Peralatan yang bekerjanya secara elektronik penuh

Sejarah perkembangan komputer boleh dibahagikan kepada dua zaman yaitu:

a) Sebelum tahun 1940

      Manusia menggunakan jari untuk mengenali dan membilang nomor satu hingga sepuluh. Selepas itu mereka mula mengenali nomor-nomor yang lebih besar tetapi masih menggunakan digit-digit asas dari 0 hingga 9. Ini mewujudkan sistem nomor perpuluhan. Jari-jari digunakan untuk campur dan tolak nomor. Campur tolak nomor-nomor membantu mereka mengira dalam perniagaan barter. Apabila perniagaan semakin berkembang, jari-jari tidak dapat menampung keperluan pengiraan yang bertambah rumit.

           Pada tahun 1617, John Napier  mengemukakan sifir logaritma dan alat dipanggil tulang Napier (Napier’s bones). Di samping pengiraan asas campur, tolak, darab dan bahagi, alat ini juga boleh mencari punca kuasa nomor.

Blaise Pascal  mencipta mesin kira mekanikal pertama pada tahun 1642. Mesin ini beroperasi dengan menggerakkan gear pada roda. Pascal juga telah banyak menyumbang idea dalam bidang matematik dan ilmu kebarangkalian. Mesin kira Pascal telah dimajukan oleh William Leibnitz.

            Pada tahun 1816, Charles Babbage  membina ‘the difference engine’. Mesin ini boleh menyelesaikan masalah pengiraan sifir matematik seperti logaritma secara mekanikal dengan tepat sehingga dua puluh digit. Projek pembinaan ini walau bagaimanapun terbengkalai kerana ketiadaan sokongan teknikal yang dianggap terlalu maju pada masa tersebut. Babbage kemudian menumpukan perhatiannya kepada ‘the analytical engine ’.
Howard Aiken  memperkenalkan penggunaan mesin elektromakenikal dipanggil Mark I pada tahun 1937. Satu bahagian mesin ini adalah elektronik dan sebahagian lagi mekanikal.

Bentuknya besar dan berat serta mengandungi talian wayer yang panjang. Semua operasi di dalam komputer dijalankan oleh geganti elektromagnetik. Mark I boleh menyelesaikan masalah fungsi-fungsi trigonometri di samping pengiraan asas. Sungguhpun demikian ia masih dianggap lembab dan terhad oleh kerana jumlah storan ingatan yang sedikit.

Komputer-komputer selepas tahun 1940 adalah elektronik sepenuhnya. Di samping pengiraan yang kurang tepat mesin-mesin mekanikal sebelum ini adalah terlalu besar, menggunakan kos yang tinggi untuk mengendalikannya dan memerlukan terlalu banyak tenaga manusia untuk pengawasan.

b)  Selepas tahun 1940

1. Generasi pertama

        Komponen utama dalam komputer generasi pertama merupakan tiub vakum. Tiub vakum adalah tiub-tiub elektronik sebesar lampu (light bulbs). Oleh kerana beribu-ribu tiub vakum diperluakn, ia menjana haba yang banyak, menyebabkan pelbagai masalah terutamanya dalam pengawalan suhu komputer. Tambahan pula, tiub-tiub vakum mudah rosak, dan mereka yang menggunakan komputer tersebut tidak tahu sama ada terdapat kesilapan dalam pengaturcaraan komputer atau kerosakan pada komputer tersebut apabila komputer yang mereka gunakan “meragam”.

Satu masalah dalam penggunaan komputer generasi pertama ini ialah bahasa yang digunakan merupakan bahasa mesin (machine language), yang menggunakan rangkaian nombor-nombor. Rangkaian nombor-nombor ini adalah merupakan arahan-arahan yang diikuti oleh komputer untuk melaksanakan sesuatu tugas. Disebabkan proses penggunaan nombor untuk menulis aturcara komputer, ini menyukarkan proses pengaturcaraan komputer tersebut.

          Komputer generasi pertama lazimnya digunakan khususnya untuk tujuan saintifik. Oleh kerana saiznya yang amat besar, ketidaktepatan pemprosesan data dan harganya yang tinggi, ramai yang menganggap bahawa komputer akan kekal sebagai suatu alat yang digunakan untuk tujuan yang saintifik sahaja, bukan untuk kegunaan umum.

Komputer-komputer generasi pertama menggunakan tiub-tiub vakum untuk memproses dan menyimpan maklumat. Tiub vakum berukuran seperti mentol lampu kecil. Ia menjadi cepat panas dan mudah terbakar. Beribu-ribu tiub vakum diperlukan pada satu masa supaya setiap yang terbakar tidak menjejaskan operasi keseluruhan komputer. Komputer juga menggunakan tenaga elektrik yang banyak sehingga kadang-kadang menyebabkan gangguan pada kawasan sekelilingnya.

            Komputer ini adalah 100% elektronik, berfungsi untuk membantu ahli sains menyelesaikan masalah pengiraan trajektori dengan pantas dan tepat. Saiznya amat besar dan boleh dikelaskan sebagai kerangka utama (main frame) .

Contoh komputer generasi pertama seperti ENIAC (Electronic Numerical Integrator And Calculator) dicipta oleh Dr John Mauchly dan Presper Eckert pada tahun 1946.Perkembangan yang paling dihargai ialah permulaan komputer menyimpan ingatan di dalamnya, dikenali sebagai konsep aturcara tersimpan (stored program concept). Konsep yang dicadangkan oleh John von Neumann ini juga menitikberatkan penggunaan nomor binari untuk semua tugas pemprosesan dan storan.

Dr. Mauchly dan Eckert juga membantu pembinaan komputer EDVAC (Electronic Discrete Variable Automatic Computer) yang mengurangkan penggunaan tiub-tiub vakum. Pengiraan juga menjadi lebih cekap daripada ENIAC. EDVAC menggunakan sistem nomor binari dan konsep aturcara tersimpan.

Komputer EDSAC (Electronic Delay Storage Automatic Calculator) memperkenalkan penggunaan raksa (merkuri) dalam tiub untuk menyimpan ingatan. Cara ini didapati lebih ekonomi daripada tiub vakum tetapi pada amnya ia masih dianggap terlalu mahal. EDSAC dimajukan oleh Unviersiti Cambridge, England.

Pada tahun 1951 Dr. Mauchly dan Eckert mencipta UNIVAC I (Universal Automatic Calculator) komputer pertama yang digunakan untuk memproses data perniagaan. Turut menggunakan tiub raksa (merkuri) untuk storan. UNIVAC I digunakan oleh Biro Banci Penduduk Amerika Syarikat. Selepas kejayaan ENIVAC I banyak komputer-komputer berkaitan pengurusan dan perniagaan muncul selepasnya.

2.    Generasi Kedua, 1959 – 1964: Transistor

         Transistor telah dicipta oleh tiga saintis di Bell Laboratories, iaitu J. Bardeen, H. W. Brittain dan W. Shockley. Transistor adalah sebuah alat elektronik yang kecil di mana fungsinya adalah untuk memindahkan isyarat-isyarat elektrik melalui perintang. Transistor mempunyai beberapa kelebihan jika dibanding dengan tiub vakum. Antaranya ialah saiznya yang kecil, penggunaan tenaga yang rendah berbanding tiub vakum, dan kecekapan transistor yang lebih baik berbanding tiub vakum.

           Bahasa pengaturcaraan yang digunakan oleh komputer generasi keuda ini adalah bahasa perhimpunan (assembly language). Bahasa perhimpunan menggunakan singkatan huruf yang dipanggil mnemonik (mnemonics) untuk arahan-arahan komputer, misalnya MV untuk MOVE, CMP untuk COMPARE, dan sebagainya. Ini membuatkkan proses pengaturcaraan komputer lebih mudah berbanding dengan menggunakan bahasa mesin.

Setelah itu, bahasa paras-tinggi (high-level languages) pula diimplimentasikan dalam proses pengaturcaraan komputer. Contoh-contoh bahasa pengaturcaraan paras tinggi pada masa itu termasuk FORTRAN (FORmula TRANslator) dan COBOL (COmmon Business-Oriented Language). Bahasa pengaturcaraan paras tinggi lebih mudah difahami jika dibandingkan dengan bahasa perhimpunan, kerana ia menggunakan frasa-frasa Inggeris ntuk melaksanakan arahan-arahan komputer.

Dalam pada itu juga, pak cakera yang pertama dipasarkan, di mana ia membolehkan pengguna menyimpan data serta memperolehi maklumat yang terkandung dalam pak cakera tersebut dengan lebih pantas berbanding penggunaan pita magnetik.

            Pada tahun 1956 Transistor mulai digunakan di dalam komputer Penemuan lain yang berupa pengembangan memori inti-magnetik membantu pengembangan komputer generasi kedua yang lebih kecil, lebih cepat, lebih dapat diandalkan, dan lebih hemat energi dibanding para pendahulunya.IBM membuat superkomputer bernama Stretch, dan Sprery-Rand membuat komputer bernama LARC.Komputer generasi kedua menggantikan bahasa mesin dengan bahasa assembly. Bahasa assembly adalah bahasa yang menggunakan singkatan-singakatan untuk menggantikan kode biner.

Komputer-komputer generasi kedua menggunakan transistor dan diod untuk menggantikan tiub-tiub vakum, menjadikan saiz komputer lebih kecil dan murah. Daya ketahanan transistor didapati lebih baik kerana ia tidak mudah terbakar jika dibandingkan dengan tiub vakum. Cara baru menyimpan ingatan juga diperkenalkan iaitu teras magnetik. Teras magnetik menggunakan besi-besi halus yang dililit oleh litaran elektrik. Keupayaan pemprosesan dan saiz ingatan utama komputer juga bertambah. Ini menjadi komputer lebih pantas menjalankan tugasnya.

Kemunculan FORTRAN dan COBOL menandakan permulaan bahasa peringkat tinggi untuk menggantikan pengaturcaraan dalam bahasa mesin yang lebih sukar. Dengan yang demikian pengendalian komputer menjadi lebih mudah. Era ini juga menandakan permulaan minikomputer iaitu yang kedua terbesar dalam famili komputer. Harganya lebih murah berbanding daripada kerangka utama. Komputer DEC PDP- 8 ialah minikomputer pertama dicipta pada tahun 1964 bagi memproses data-data perniagaan. Lain-lain komputer dalam generasi ini ialah IBM  7090 dan IBM 7094.

3.  Generasi Ketiga, 1965 – 1970: Integrated Circuit

       Intergrated Circuit (lebih dikenali sebagai IC) merupakan satu rangkaian litar elektronik lengkap dalam satu cip silikon yang kecil. Ia mula digunakan pada tahun 1965. Satu IC mampu menggantikan satu papan litar yang penuh dipasang dengan transistor-transistor, di mana IC tersebut lebih kecil saiznya daripada transistor tersebut.

Cip IC mempunyai kelebihan berbanding dengan transistor, antaranya termasuk kos yang rendah dalam pembuatan cip IC tersebut, penggunaan teraga yang rendah, kepadatan cip IC tersebut (mengurangkan masa pengaliran elektrik dalam cip tersebut), dan kecekapan cip IC berbanding transistor. Penyelidikan mikroelektronik yang pesat berjaya menghaluskan transistor kepada saiz mikroskopik. Beberapa ratus ribu transistor ini dapat dipadatkan ke dalam kepingan segiempat silikon melalui proses yang dipanggil pengamiran skala besar (large scale integration, LSI), untuk menghasilkan litar terkamir atau lebih dikenali dengan panggilan cip.

       Chip mulai menggantikan transistor sebagai bahan logik komputer. Saiz cip yang kecil menjadikannya popular digunkan dalam kebanyakan alat elektronik dan harganya jauh lebih murah berbanding dengan komponen elektronik yang lain.

        Jenis terkecil dalam famili komputer, mikrokomputer muncul dalam generasi ini. Mikrokomputer menjadi lebih cepat popular seperti jenama Apple II, IBM PC, NEC PC dan Sinclair. Mikrokomputer didapati amat praktikal kepada semua peringkat masyarakat kerana saiznya lebih kecil, harga yang murah dan kebolehannya berfungsi bersendirian. Sebuah mikrokomputer berupaya mengatasi komputer ENIAC dalam menjalankan sesuatu tugas.

Banyak bahasa pengaturcaraan muncul seperti BASIC, Pascal dan PL/1. Kebanyakan mikrokomputer dibekalkan dengan pentafsir bahasa secara bina-dalam di dalam cip ROM untuk membolehkan bahasa BASIC digunakan. Ini menjadikan BASIC bahasa pengaturcaraan yang paling popular pada mikrokomputer.

4. Generasi Keempat, 1970 – kini: Microprosessor

        Microprosessor, atau pemproses mikro, adalah merupakan evolusi daripada cip IC, di mana ia merupakan rangkaian-rangkaian C di dalam satu cip silikon yang kecil. Oleh itu, komputer masa kini adalah 100 kali ganda lebih kecil daripada komputer generasi pertama, dan satu cip pemproses mikro adalah lebih berpotensi dan lebih hebat daripada sebuah computer ENIAC (komputer komersil pertama). Pemproses mikro adalah asas bagi pembinaan dan rekabentuk komputer masa kini. Cip masih digunakan untuk pemprosesan dan menyimpan ingatan. Ia lebih maju, mengandungi sehingga beratus ribu komponen transistor didalamnya. Proses pembuatan cip teknologi tinggi ini dipanggil pengamiran skala amat besar (very large scale integration, VLSI). Pemprosesan dapat dilakukan dengan lebih pantas, sehingga berjuta bit sesaat. Ingatan utama komputer menjadi lebih besar sehingga menyebabkan storan skunder kurang penting. Teknologi cip yang maju ini mendekatkan jurang di antara mikrokomputer dengan minikomputer dan juga mikrokomputer dengan kerangka utama. Ini juga mewujudkan satu lagi kelas komputer dipanggil superkomputer, yang lebih pantas dan cekap berbanding kerangka utama.

5.    Komputer generasi kelima ( masa depan )

         Banyak kemajuan di bidang desain komputer dan teknologi semkain memungkinkan pembuatan komputer generasi kelima. Dua kemajuan rekayasa yang terutama adalah kemampuan pemrosesan paralel, yang akan menggantikan model non Neumann.

Model non Neumann akan digantikan dengan sistem yang mampu mengkoordinasikan banyak CPU untuk bekerja secara serempak. Kemajuan lain adalah teknologi superkonduktor yang memungkinkan aliran elektrik tanpa ada hambatan apapun, yang nantinya dapat mempercepat kecepatan informasi.

Jepang adalah negara yang terkenal dalam sosialisasi jargon dan proyek komputer generasi kelima. Lembaga ICOT (Institute for new Computer Technology) juga dibentuk untuk merealisasikannya. Banyak kabar yang menyatakan bahwa proyek ini telah gagal, namun beberapa informasi lain bahwa keberhasilan proyek komputer generasi kelima ini akan membawa perubahan baru paradigma komputerisasi di dunia. Kita tunggu informasi mana yang lebih valid dan membuahkan hasil.

         untuk masa ke-lima ini memang sangat susah. Karena masih dalam sebatas imajinasi. Mungkin bagi Anda yang membaca tulisan ini pernah menonton film berjudul “2001:Space Odyssey” karya dari Arthur C. Clarke. Dalam film tersebut merupakan gambaran komputer masa depan yang mungkin masih dalam imajinasi dalam pikiran kita.

Dalam film tersebut komputer dapat diprogram sehingga dapat mendekati pemikiran manusia. Yang lebih parah dalam film tersebut komputer mampu untuk memprogram dirinya sendiri    sehingga bisa saja mungkin pemikirannya mengalahkan pemikiran manusia.

         Meskipun gambaran visual yang ditayangkan dalam komputer tersebut masih jauh dari pemikiran kita dan realita, namun tanda-tanda untuk mewujudkan itu semua sudah terlihat. Sejauh ini telah ada komputer yang dapat diprogram untuk dapat merespon printah secara lisan maupun nalar manusia.

Dewasa ini telah banyak kemajuan teknologi untuk mendukung perkembangan teknologi komputer. Diantaranya telah ditemukannya kemampuan pemrosesan parallel dimana direncanakan untuk menggantikan model non Neumann! Dimana sistem pemrosesan parallel itu akan mampu bekerja mengkoordinasikan banyak CPU untuk secara serempak.

Selain itu juga telah ditemukan teknologi superkonduktor, sehingga dapat menghantarkan informasi lebih cepat dibandingkan dengan teknologi yang digunakan sebelumnya. Apapun yang terjadi, yang jelas secanggih apapun kemampun sebuah komputer tidak akan bisa mengalahkan kemampuan yang membuatnya, yaitu pikiran manusia.

BIOINFORMATIKA

PENDAHULUAN

Tak disangkal, saat ini adalah jamannya Teknologi Informasi (TI).
Berbagai produk dan jasa dalam bidang TI mulai dari komputer pribadi,
Internet, handphone, dsb sudah dinikmati oleh masyarakat luas. Dengan
itu semua, TI tidak hanya telah membangkitkan gelombang new-economy
tapi juga merubah pola pikir sampai kepada gaya hidup manusia modern
sehingga serasa hidup dalam “kampung dunia”. Kekuatan inovasi
teknologi yang disepadankan dengan TI di masa depan adalah
bioteknologi . Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan
manusia untuk memanipulasi kode genetik DNA, “cetak biru kehidupan”.
Berbagai aplikasinya telah merambah sektor kedokteran, pangan,
lingkungan, dsb . Pembacaan sekuen genom manusia oleh perusahaan
bioteknologi Amerika Serikat (AS) Celera Genomics dalam waktu singkat
(beberapa tahun) dibanding usaha konsorsium lembaga riset publik AS,
Eropa, dll (lebih dari 10 tahun) a.l. berkat kontribusi TI melalui
perangkat komputasinya (perangkat keras maupun lunak). Aplikasi TI
dalam bidang biologi/life sciences yang melahirkan bidang Bioinformatika
akan menjadi semakin penting di masa depan, tidak hanya
mengakselerasi kemajuan bioteknologi namun juga menjembatani dua.

gelombang ekonomi baru tersebut (TI & bioteknologi). Dalam tulisan ini
diulas perkembangan Bioinformatika di dunia dengan didahului oleh latar
belakang “ledakan” informasi dalam bioteknologi, kemudian ditutup
dengan prediksi prospek Bioinformatika di Indonesia melalui pertanyaan
“dari mana kita harus mulai?”

BIOTEKNOLOGI MODERN

Bioteknologi modern lahir tahun 70-an diawali dengan inovasi ilmuwan AS
mengembangkan teknologi DNA rekombinan. Berkat penemuan ini lahirlah
perusahaan bioteknologi pertama di dunia, Genentech di AS yang segera
memproduksi protein hormon, insulin yang dibutuhkan penderita diabetes,
dalam bakteri. Selama ini insulin hanya bisa didapatkan dalam jumlah
sangat terbatas dari organ pankreas sapi. Sebagaimana TI, saat ini
produk bioteknologi telah mengimbas bahkan kepada kebutuhan hidup
sehari-hari masyarakat seperti pangan, kosmetika, dsb.

Ciri dari bioteknologi modern tadi
adalah kemampuan pada manipulasi
DNA. Rantai/sekuen DNA yang
mengkode protein disebut gen. Gen itu
ditranskripsikan menjadi mRNA yang
selanjutnya mRNA ditranslasikan
menjadi protein (Gambar 1). Protein
sebagai produk akhir adalah yang
bertugas menunjang seluruh proses
kehidupan antara lain sebagai katalis
reaksi biokimia dalam tubuh (protein ini
disebut enzim), ikut serta dalam sistem
pertahanan tubuh melawan virus,
parasit dll (disebut antibodi), menyusun
struktur tubuh dari ujung kaki (otot
terbentuk dari protein actin, myosin,
dsb) sampai ujung rambut (rambut
tersusun dari protein keratin), dll. Arus informasi, DNA -> RNA -> Protein,
inilah yang disebut sentral dogma dalam biologi.

Hanya 20-an tahun sejak bioteknologi modern lahir, terjadilah ledakan data biologis yang mencengangkan. Hal ini disebabkan oleh kemajuan
teknologi biologi molekuler itu sendiri (misalnya DNA rekombinan, PCR, dsb) dan ditunjang dengan peralatan yang memadai membuat waktu dan biaya lebih pendek/murah. Ledakan awal dimulai dari data DNA . Tahun 1977 untuk pertamakalinya sekuen DNA satu organisme dibaca secara menyeluruh yaitu pada sejenis virus yang memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida/molekul DNA atau sekitar 11 gen. Sekarang sudah ada milyaran data nukleotida tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982 . Sekuen seluruh DNA manusia yang terdiri
dari 3 milyar nukleotida dirampungkan dalam waktu 3 tahun. Di Indonesia, dengan membayar $15, kita bisa membaca sekuen 500-an nukleotida di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta. Trend yang sama juga nampak pada database lain seperti database sekuen asam amino penyusun protein, database struktur 3D protein, dsb. Inovasi teknologi.
DNA chip yang dipelopori oleh perusahaan bioteknologi AS, Affymetrix di  Silicon Valley telah mendorong munculnya database baru mengenai RNA.  Dengan ini, riset tidak dilakukan lagi satu persatu terhadap molekul  (DNA/RNA/protein) yang diminati, namun pada keseluruhan/satu set masing-masing molekul (untuk DNA dari gen ke genom, untuk RNA disebut transkriptom dan proteom untuk protein).

nukleotida/basa DNA dalam GenBank

TREND BIOINFORMATIKA DUNIA

Ledakan data/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya
Bioinformatika. Karena Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru,
masih banyak kesalahpahaman mengenai definisinya. Komputer sudah
lama digunakan untuk menganalisa data biologi, misalnya terhadap data-
data kristalografi sinar X dan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam
melakukan penghitungan transformasi Fourier, dsb . Bidang ini disebut
sebagai Biologi Komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan
kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data
biologis dari database DNA, RNA maupun protein tadi. Untuk
mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan (misalnya Applied
Bioinformatics), atau berubah nama seperti Computer Applications in the
Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic yang menjadi official journal
dari International Society for Computational Biology (ICSB) (nama
himpunan tidak ikut berubah) . Beberapa topik utama dalam
Bioinformatika dijelaskan di bawah ini.

Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa Bioinformatika.
Database informasi dasar telah tersedia saat ini. Untuk database DNA
yang utama adalah GenBank di AS  . Sementara itu bagi
protein, databasenya dapat ditemukan di Swiss-Prot (Swiss) untuk
sekuen asam aminonya dan di Protein Data Bank (PDB) (AS)  untuk struktur 3D-nya. Data yang
berada dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti,
namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database.
Trend yang ada dalam pembuatan database saat ini adalah isinya yang makin spesialis. Misalnya untuk protein
struktur, ada SCOP dan CATH  yang mengklasifikasikan protein berdasarkan struktur 3D-nya,
selain itu ada pula PROSITE , Blocks , dll yang berdasar pada motif struktur sekunder protein.
Tak kalah penting dari data eksperimen tersebut adalah keberadaan database paper
yang terletak di Medline . Link terhadap publikasi asli biasanya selalu tercantum dalam data asli sekuen. Perkembangan Pubmed terakhir yang penting adalah tersedianya fungsi mencari paper dengan topik sejenis dan link kepada situs jurnal on-line sehingga dapat membaca keseluruhan isi paper tersebut.  Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasar hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein.
Metode ini digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan fungsi daripadanya. Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network, Genetic Algorithm dll telah dipakai dengan sukses untuk
pencarian database ini.  Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) . Perangkat lunak ini
telah diadaptasi untuk melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti DNA (blastn), protein (blastp), dsb. Baru-baru versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi dengan database yang lebih variatif telah
dikembangkan dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific Iterated)-BLAST . Sementara itu perangkat lunak yang digunakan untuk melakukan alignment terhadap sekuen terbatas di antaranya yang
lazim digunakan adalah CLUSTAL dan CLUSTAL W.

Data yang memerlukan analisa bioinformatika dan cukup mendapat banyak perhatian saat
ini adalah data hasil DNA chip. Menggunakan perangkat ini dapat diketahui kuantitas maupun kualitas transkripsi satu gen sehingga bisa menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif terhadap perlakuan tertentu, misalnya timbulnya kanker, dll. mRNA yang diisolasi dari sampel dikembalikan dulu dalam bentuk DNA menggunakan reaksi reverse transcription. Selanjutnya melalui proses hibridisasi, hanya DNA yang komplementer saja yang akan berikatan dengan DNA di atas chip. DNA yang telah diberi label warna berbeda ini akan menunjukkan pattern yang unik. Berbagai algoritma pattern recognition telah digunakan untuk mengenali gen-gen yang aktif dari eksperimen DNA chip ini, salah satunya yang paling ampuh adalah Support Vector Machine (SVM) .

DNA chip

Bioinformatika sudah menjadi bisnis besar sekarang. Perusahaan
bioteknologi yang menghasilkan data besar seperti perusahaan sekuen
genom, senantiasa memerlukan bagian analisa Bioinformatika. Produk
Bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa maupun Asia .
Berdasar jenisnya produk yang dipatenkan itu bisa dibagi menjadi tiga
yaitu (1) perangkat lunak Bioinformatika, termasuk diantaranya adalah
perangkat lunak pencarian database dsb dengan contoh misalnya paten
no. 6,125,331 di AS berjudul “Structural alignment method making use of
a double dynamic programming algorithm”, (2) metode Bioinformatika, ini
menggunakan analogi metode bisnis telah dapat dipatenkan di AS seperti
pada kasus pematenan Amazon.com, sebagai contoh adalah paten no.
6,125,383 di AS tentang “Research system using multi-platform object
oriented program language for providing objects at runtime for creating
and manipulating biological or chemical data”, terakhir (3) produk
Bioinformatika itu sendiri yaitu informasi biologis hasil analisanya.

Proses Bisnis Informasi

Persaingan bisnis yang semakin kompetitif yang semakin lengkap dan terlebih lagi perekonomian kita sedang dilanda krisis, walaupun kenyataan seperti itu tidak menjadi suatu halangan bagi para pebisnis perusahaan tetap berfikir positif untuk melanjutkan bisnis yang menurutnya adalah yakin karena pangsa pasar di tempat kita akan semakin mencerahkan pandangan para pengusaha yang menanamkan sahamnya di Indonesia, terlebih lagi pangsa pasar yang semakin meningkat pesat perkembanganya yaitu pansa pasar perkembangan system informasi yang seakan akan kita menjual serba ada karena bukan hanya produk yang ditawarkan melainkan jasa yang yang dibuat oleh pra programmer,
Masalah yang sering kali terjadi adalah perusahaan gagal atau terlambat dalam merespon tantangan bisnis yang muncul secara tidak terduga. Sebagai contoh: banyak perusahaan sangat lambat dalam mendeteksi adanya peluang-peluang bisnis baru serta dalam mendeteksi pergerakan yang dilakukan oleh kompetitor; lebih jauh lagi adalah perusahaan kadang cenderung mempunyai sifat reaktif dan tidak dapat mendeteksi masalah secara dini, dimana ini merupakan hal yang sangat kontraproduktif bagi perusahaan dalam menghadapi perkembangan bisnis di masa seperti sekarang ini.

ADAPUN SYSTEM INFORMASI YANG TERDIRI DARI:
Sistem fungsional, sistem penjualan dan pemasaran sistem manufaktur dan produksi, sistem keuangan dan akutansi serta sistem sumber daya manusia.
• Tidak ada sistem informasi tunggal faktanya, perusahaan berskala menengah dan besar memiliki ribuan program komputer dan ratusan sistem yang berbeda.

AKTIVITAS DALAM BERBISNIS ADALAH :
• Aktivitas bisnis adalah Aktiviatas kerja dari bahan baku, informasi, dan pengetahuan seperangkat aktivitas. Contohnya proses memperkerjakan karyawan.
• Aktivitas bisnis memperkerjakan dapat diuraiakan sebagai berikut:
• Membuat periklanan tempat,
• mengujungi agen pekerjaan,
• mengumpulkan surat lamaran,
• memeriksa surat lamaran,
• mewawancarai kandidat,
• mengevaluasi kandidat
• membuat keputusan kepegawaian,
• melibatkan karyawan pada sistem kepegawaian seperti penggajian, kesehatan, dan pensiun.

Sistem bisnis informasi yang terdiri dari :
• Fungsi dari system informasi ini juga meliputi system sumberdaya manusianya itu sendiri kita diharuskan mebngkaji Sdm yang ada dilingkungan kerja kita

ALUR PEMROSESAN TRANSAKSI• Sistem pemrosesan transaksi
• Sebuah sistem pemrosesan transaksi adalah sistem terkomputerisasi yang menjalankan dan mencatat transaksi rutin harian yang diperlukan untuk menjalankan bisnis, seperti memasukkan pesanan penjualan, pemesanan hotel, penggajian, pencatatan karyawan, dan pengiriman.
• Tujuan utama dari sistem pada tingkat ini adalah untuk menjawab pertanyaan rutin dan untuk melacak arus transaksi yang melalui organisasi.

SISTEM SUMBER DAYA MANUSIA
• Fungsi sumber daya manusia bertanggung jawab untuk menarik, mengembangkan, dan mempertahankan tenaga kerja perusahaan. Sistem informasi sumber daya manusia (human resources informasion system) mendukung aktivitas seperti mengenali karyawan potensial, menjaga catatan lengkap mengenai karyawan yang ada, dan menciptakan program untuk mengembangkan bakat dan keahlian karyawan.
• Sistem sumber daya manusia membantu manajemen senior mengenali kebutuhan sumber daya manusia

SISTEM INFORMASI MANAJEMEN
• Sistem informasi manajemen-SIM (manajemen information system-MIS) juga merancang kategori khusus sistem informasi yang melayani manajemen tingkat menengah. SIM menyediakan laporan kinerja terbaru perusahaan kepada manajemen tingkat menengah. Informasi ini digunakan untuk mengawasi dan mengendalikan bisnis dan memprediksi kinerja di masa depan.

HUBUNGAN ANTAR SISTEM
• Berbagai jenis sistem dalam sebuah organisasi saling terkait satu sama lain. TPS adalah penghasil utama informasi yang dibutuhkan oleh kebanyakan sistem lain dalam perusahaan, yang selanjutnya akan menghasilkan informasi untuk sistem yang lain. Pada kebanyakan perusahaan, jenis sistem yang berbeda tersebut relatif tidak terkait. Namun demikian, semakin banyak perusahaan yang menggunakan teknologi baru untuk mengintegrasikan informasi yang berada dalam sistem yang berbeda.

SISTEM YANG MELINGKUPI PERUSAHAAN
• APLIKASI PERUSAHAAN : Aplikasi dimana untuk melakukan pemrosesan agar mempermudah pekerjaan yang kita lakukan
• Aplikasi perusahaan (enterprise application) yang merupakan sistem yang melingkupi area fungsional, berfokus pada menjalankan proses bisnis di dalam perusahaan bisnis, termasuk seluruh tingkatan manajemen. Aplikasi perusahaan membantu bisnis untuk menjadi lebih fleksibel dan produktif dengan mengoordinasikan proses bisnis dengan lebih dekat dan mengintegrasikan sekelompok proses agar mereka berfokus pada pengelolaan sumber daya yang efisien dan pelayanan pelanggan.

SISTEM MANAJEMEN HUBUNGAN PELANGGAN
Sistem manajemen hubungan pelanggan (customer relationship manajement-CRM) membantu perusahaan mengelola hubungannya dengan pelanggan. Sistem ini menyediakan informasi untuk mengordinasikan seluruh proses bisnis yang berhubungan dengan pelanggan dalam hal :
1. Penjualan
2. Pemasaran
3. Pelayanan untuk mengoptimalkan pendapatan
4. Kepuasan pelanggan
5. Mempertahankan pelanggan

E-BUSINESS,E-COMMERCE DAN E.GOVERNMENT
• E-BUSINESS => mengacu kepada penggunaan teknologi digital dan internet untuk menjalankan proses bisnis utama pada perusahaan.
• E-COMMERCE => bagian dari E-business yang berhubungan dengan pembelian dan penjualan barang dan jasa melalui internet.
• E.GOVERNMENT => mengacu kepada aplikasi internet dan teknologi jaringan untuk secara digital memungkinkan hubungan pemerintah dan agen sektor publik dengan masyarakat, bisnis, dan perpanjangan pemerintahan lainnya.

DEPARTEMEN SISTEM INFORMASI
• Departemen sistem informasi (information system departement) adalah unit organisasi formal yang bertanggung jawab untuk memelihara peranti keras, peranti lunak, penyimpan data dan jaringan yang mencakup infrastruktur teknologi informasi perusahaan.

ORGANISASI SISTEM INFORMASI :
• Programer yaitu spesialis teknis yang sangat terlatih yang menulis instruksi peranti lunak untuk komputer.
• Analis sistem merupakan pekerjaan analis sistem untuk menterjemahkan masalah dan persyaratan bisnis menjadi kebutuhan informasi dan sistem.
• Manager sistem informasi adalah pemimpin tim programer dan analis, manajer proyek, manajer fasilitas fisik, pengoperasi komputer dan staf yang memasukkan data.
• Mengelola fungsi sistem informasi
• Praktik Aplikasi SIM -> Menganalisis kinerja keuangan
• Memperbaiki proses pengambilan keputusan.